L'abbaye a été fondée en 997, sous l'empereur germanique Othon III. Son premier abbé, Grégoire de Burtscheid(en), originaire de Calabre, est parfois considéré comme ayant été un frère de la mère de l'empereur, la Byzantine Théophania. Il a été enterré sous l'autel après sa mort en 999 et l'anniversaire de sa mort, le , est resté un jour férié de l'abbaye jusqu'à sa dissolution.
En 1138, l'empereur Conrad III lui a accordé l'immédiateté impériale, qui en faisait un sujet direct du Saint-Empire, sans maître intermédiaire (reichsfrei). L'abbaye était sous la protection (Vogtei) de la Baronnie de Mérode, jusqu'à ce qu'elle la leur rachète en 1649.
L'église abbatiale a été reconstruite au milieu du XIVe siècle, puis à nouveau entre 1735 et 1754 par Johann Joseph Couven dans le style baroque.
En 1779, malgré le refus du conseil municipal d'Aix-la-Chapelle, alors responsable du gouvernement local, l'abbesse a créé à Burtscheid une maison de jeu, dans une rue encore connue aujourd'hui sous le nom de « Krugenofen Kasinostrasse ».
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