Vers 1296, Martin IV, sur la requête de l'abbé, accorde un privilège qui leur accorde la permission de porter l'habit noir hors de la maison au lieu de l'habit blanc[3].
En 1358 dans la crainte d´une attaque des forces anglo-navarraises qui ravagent la contrée, les habitants entreprennent de la démolir. En 1369, elle est incendiée par Robert Knolles, qui ravage tout le Vermandois, le Noyonnais et l´Ile de France. En 1397, l'abbé demande à la ville la permission de mettre en état de défense l´abbaye. En 1400, Jean Lefebvre, dit Brisemoutier, fait rebâtir le cloître, le chapitre et le dortoir, il fait élever une tour et meubler la sacristie et l´église.
En 1552, elle est dévastée par les Bourguignons et les Hongrois aux ordres de Marie de Hongrie. Elle est rasée en 1557 pendant la onzième guerre d’Italie. Les religieux réduits au nombre de quatre et à un novice s´installent dans leur maison de refuge.
Une nouvelle abbaye est reconstruite intra-muros, de 1561 à 1571.
Affiliés en 1654 à la Congrégation de France, dite des génovéfains, les religieux, acceptent, en 1683, de tenir le collège des Capettes de Noyon[4] et entrent en possession des biens de l´ancien hôpital Saint-Jacques.
L´abbaye est démolie en 1678 pour être reconstruite sur un plan plus vaste. Le 6 février 1683, la ville accorde aux religieux la permission d´avancer de six pieds sur la rue pour bâtir leur église, dont la première pierre est posée le 2 juillet 1708.
Les religieux ne sont jamais très nombreux au XVIIIe siècle (cinq en 1768 dont un prieur, six en 1790 outre les quatre régents dirigeant le collège). L´abbaye possédait une bibliothèque de plus de 2 000 volumes et un trésor de prestigieux objets pesant 45 marcs d´argenteries.
Le , l'Assemblée constituante prononce l'abolition des vœux monastiques et la suppression des congrégations religieuses. L'abbaye est fermée. Les moniales quittent leur couvent vers la fin de l'année. L’inventaire de ses biens est dressé. L'abbaye est mise en vente, comme bien national, en 1791 et vendue le 19 novembre 1793.
L´abbaye échappe à la destruction en servant d´abord de casernement à l´armée révolutionnaire puis, en 1796, de collège municipal. Les sœurs de Saint-Thomas de Villeneuve rachètent les bâtiments et y établissent un pensionnat, dès 1862, qui prospère jusqu'en 1904. Elles font reconstruire, en 1875, une nouvelle église de style néo-gothique, à peu près à l´emplacement de l´ancienne (détruite dans le premier tiers du XIXe siècle). Ces nouvelles constructions, détruites au printemps 1918 et abandonnées entre les deux guerres, sont complètement rasées après 1945.
L'abbaye a le droit d'élire et de pourvoir aux cures des églises dont elle est patron, de prêtres qu'elle présente à l'ordination de l'évêque diocésain. C'est le droit de patronage, de présentation à l’évêque et de nomination d'un desservant aux églises ou cures (paroisses) où elle percevait les grosses dîmes.
Florent de la Boissière donna la cure d'Ablaincourt aux chanoines réguliers de Saint-Barthélemy de Noyon, sur la sollicitation de Jean de Mer, leur abbé[21].
Patrimoine foncier
L'abbaye possédait la terre de Vraignes et une métairie à Vraignes en 1191. Avant de partir pour la Terre-Sainte, Gui, seigneur d'Arblincourt voulut réparer ses torts à l'égard des religieux de Saint-Barthélemy, en leur concédant divers biens à Caisnes.
En 1219, un échange est passé entre l'abbé de Saint-Barthélémy et l'abbé de Saint-Éloi-Fontaine, au sujet des dîmes d'Ognes affectées pour la fondation de la cure de Commenchon et de terrages, cens et autres redevances dus sur les terroirs d'Hombleux, de Griecourt et Robercourt[6],[20].
(la) Jean du Ponchel, Mémoires sur l'abbaye de Saint-Barthélemi de Noyon, 1601-1700, 628 p. (lire en ligne).
Louis-Paul Colliette, Mémoires pour servir à l'histoire ecclésiastique, civile et militaire de la province du Vermandois, t. 1,2 et 3, Cambrai, 1771-1772 (lire en ligne).
C.-A. Moët de La Forte-Maison, Antiquités de Noyon, Rennes : anciennes librairies Vatar et Jausions, 1845.p. 174.
Alfred Ponthieux, « Histoire de l'abbaye Saint-Barthélémy de Noyon », Comité archéologique de Noyon, Comptes rendus et mémoires, vol. t.XIX, , p. 1-34 (lire en ligne, consulté le )..
↑Poissonnier, « L'Abbaye de St-Éloi-Fontaine ou de Commenchon », Comptes rendus et mémoires du Comité archéologique de Noyon, vol. tome V, , p. 272 (lire en ligne, consulté le ).
↑ a et bPoissonnier, « L'Abbaye de St-Éloi-Fontaine ou de Commenchon », Comptes rendus et mémoires du Comité archéologique de Noyon, vol. tome V, , p. 275 (lire en ligne, consulté le )
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