La 5e armée est initialement créée le à la fin de la guerre russo-japonaise sous le commandement du général Kawamura Kageaki à partir de la 11e division et de trois brigades de réserve[1]. Elle participe avec succès à la bataille de Mukden où elle flanque l’aile gauche des Russes. Elle est dissoute à Mukden en janvier 1906 après la victoire finale et la signature du traité de Portsmouth.
La 5e armée est recréée le au début de la seconde guerre sino-japonaise au Mandchoukouo en tant que force de garnison des frontières orientales contre de possibles incursions de l'armée rouge soviétique. Étant basé dans l'est de la région, elle ne participe pas à la bataille de Khalkhin Gol et est temporairement dissoute le . Elle est rétablie le sous le contrôle direct de l'État-major de l'armée impériale japonaise. Elle passe ensuite sous le contrôle de la 1re armée régionale au sein de l'armée japonaise du Guandong et est principalement utilisée comme force d'entraînement et de garnison. À la vue de la détérioration de la situation militaire du Japon en Asie du Sud-Est, la plupart de ses unités expérimentées et de son équipement est transférée dans d'autres troupes.
Durant l'invasion soviétique de la Mandchourie, ses forces sous-équipées et pauvrement entraînées ne peuvent rien faire contre les divisions aguerries de l'armée rouge et sont forcées de reculer. Elles se trouvent dans la province d'Andong(en) près de la frontière coréenne au moment de la reddition du Japon. Elle est officiellement dissoute à Jixi.
Victor Madej, Japanese Armed Forces Order of Battle, 1937-1945, Game Publishing Company,
(en) Daniel Marston, The Pacific War Companion : From Pearl Harbor to Hiroshima, Oxford, Osprey Publishing, , 272 p. (ISBN1-84176-882-0)
David Glantz, The Soviet Strategic Offensive in Manchuria, 1945 (Cass Series on Soviet (Russian) Military Experience, 7), Routledge, , 451 p. (ISBN0-7146-5279-2)
(en) Rotem Kowner, The A to Z of the Russo-Japanese War, Scarecrow Press Inc., , 567 p. (ISBN978-0-8108-6841-0)