La 5-méthylcytidine est un nucléoside dérivé de la cytidine et présent dans les ARN messagers, les ARN ribosomiques et les ARN de transfert des eucaryotes et des procaryotes[2]. Sa base nucléique est la 5-méthylcytosine, dérivée de la cytosine par méthylation à partir de S-adénosylméthionine. Cette réaction est potentiellement mutagène car la 5-méthylcytosine tend à se désaminer spontanément en thymine, réaction qui peut également être catalysée[3] :
