À la suite des leçons tirées de la mobilisation de l'armée belge lors du conflit franco-prussien de 1870, une réorganisation de l'armée belge est entamée le qui prévoit notamment la création de 2 régiments d'infanterie de ligne supplémentaire.
Le régiment est ainsi créé par arrêté royal le à Mons. Il est formé à partir de 3 compagnies des 1er, 4e et 7e régiments de ligne, de 2 compagnies des 3e, 6e et 11e régiments de ligne et d'une compagnie du 10e régiment de ligne.
Première guerre mondiale
Le régiment est mobilisé le . Il est alors dédoublé pour former les 33e régiment de ligne et 13e régiment de forteresse. Ils forment ensemble la 13e brigade mixte de la 4e division d'armée. Le , il est positionné dans des tranchées dans les intervalles des forts de Maizeret, Andoy et Dave. Les premières escarmouches ont lieu le . Le 23, après des combats acharnés, le régiment décroche pour éviter l'encerclement. Il bat ainsi en retraite via l'entre-Sambre-et-Meuse. Le vers 9h00, le 3e bataillon est accroché dans les environs de Fosses-la-ville par l'avant-garde allemande mais parvient à se dégager grâce à une contre-offensive d'un bataillon de la 8e brigade française. Le , il exécute à marche forcée la distance Mariembourg - Auvillers (France). Le 26, il embarque dans un train à Liart à destination de Rouen. Le , le 13e régiment de forteresse et le 33e régiment de ligne sont réintégrés au 13e de ligne. Il est ensuite transféré au Havre d'où il embarque le 1er septembre pour arriver à Ostende 2 jours plus tard et finit par rejoindre les environs de la position fortifiée d'Anvers. Il combat en première ligne à Termonde les 4 et . À partir du 1er octobre, l'armée belge se replie vers l'Yser. Le , le régiment est à Schoonaerde-Berlare. Il atteint l'Yser le .
Les 18 et , il participe à la bataille de Keyem où le 1er bataillon perd 500 de ses 700 soldats.
Par la suite, il tint position successivement dans les secteurs de Nieuwport, Drie Grachten, Ramscapelle (), Dixmude (), Ramscapelle, Boesinghe et Merckem (hiver 1917).
Le , les 3e et 4e bataillons sont à la base de la création d'un nouveau régiment, le 19e régiment de ligne. Le , il est dans le secteur de Weidendreft lorsque les Allemands lancent leur grande offensive. De juin à , il est positionné de nouveau dans le secteur de Dixmude où il prendra part à l'offensive libératoire lancée le . Il combat à Handzame le et puis poursuit les troupes impériales jusqu'à l'armistice.
Entre-deux-guerres
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Lors de l'invasion, le , il fait partie de la 8e division d'infanterie et est affecté à la défense de la position fortifiée de Namur.
Le 1er bataillon est déployé dans le secteur entre les forts de Malonne et de Dave. Il fournit également des détachements pour garder des ponts à Anseremme, Heer-Agimont et Hastière. Le 2e bataillon quant à lui est positionné entre les forts de Dave et d'Andoy. Le 3e bataillon est placé en réserve à Namur.
Le 11, le 1er bataillon est envoyé au bois du Tronquoy (Fernelmont) pour prévenir une éventuelle attaque par des parachutistes.
Le 13, les Allemands ont franchi la Meuse au sud de Houx. Le régiment se prépare au repli.
Il se retire sans combattre le . Le 16, il passe à Auvelais, Moignelée, Gosselies, Luttre. Le 17, il passe par Familleureux, Soignies puis Basse-Gage où il prend le train en direction de Audenarde via Lessines, Renaix et Tournai en compagnie du 19e de ligne. Il arrive à Audernarde le 18. Vers 15h00, le même jour, il décroche sur la Lys à Sint-Eloois-Vijve qu'il atteint à 20h00.
Le 19, le 2e bataillon est dissout à la suite des pertes.
Le 20, les Allemands tentent de traverser le fleuve dans les secteurs belge et britannique. Ils sont repoussés par les Belges mais par contre les Britanniques doivent reculer et découvre le flanc sud des Belges, ce qui les contraint à se replier en fin de journée entre Kruishoutem et Nokere pour éviter un encerclement.
Le 23, la quasi-totalité des troupes belges est positionnée derrière la Lys. Le 13e de ligne occupe le sous-secteur allant de Wielsbeke au confluent de la Lys avec le Gaverbeek. Ses positions sont rapidement étendues vers le sud jusqu'au confluent de la Lys avec le canal de Roulers où il remplace le 1er régiment de ligne. Fin d'après midi, les Allemands attaquent le pont sur la Lys de Sint-Eloois-Vijve mais sont repoussés par le 1er bataillon. Vers 20h00, le 3e bataillon subit également une attaque qu'il repousse.
Le vers 15h00, les Allemands bombardent lourdement la position sud du régiment puis lancent l'assaut une heure plus tard et traversent la Lys au niveau des positions du 1er de ligne. Les Belges du 13e de ligne ne peuvent contre-attaquer car ils subissent toujours le bombardement. Vers 17h30, le grand quartier général envoie le 16e de ligne en renfort sur le canal de Roulers sécurisé le flanc sud de la 8e division d'infanterie. Vers 19h00, le 1er de ligne doit abandonner ses positions. Le 25, le 13e ligne subit encore des attaques. Le 26, la situation se détériore rapidement pour les Belges, la Lys devient clairement intenable après la percée allemande autour de Courtrai. Vers 7h00, le 3e bataillon subit l'assaut allemand, les victimes se comptent par dizaines et de nombreux soldats sont faits prisonniers. Le 1er bataillon se replie en direction de Ginste au nord pour rejoindre le 19e de ligne.
Juste après 19h30, le régiment reçoit l'ordre de la retraite générale sur de la voie ferrée Tielt-Ingelmunster.
Le 27, le régiment a perdu son commandement et ce qui reste de la troupe est envoyé durant la matinée sur Ardooie. L'après-midi, le régiment se retire sur Torhout et est intégré au 2e bataillon du 21e de ligne.
Le vers 4h du matin, la capitulation est annoncée. Le régiment est de facto dissous. Il lui restait alors 19 officiers, 12 sous-officiers et 275 caporaux et soldats.
Après-Guerre
Le , le 2e bataillon de la 2e brigade d’infanterie "Yser" est renommé 13e bataillon de ligne et en reprend les traditions et le drapeau. Le , le bataillon est envoyé en Allemagne en garnison à Siegburg. Il est supprimé des unités d'active le . Le , un bataillon antichar (intégrant la 16e compagnie antichar) est constitué au sein de la 7e brigade d'infanterie et reprend ses traditions. Il est caserné à Spich en Allemagne puis en 1979 est envoyé à Marche-en-Famenne. Par la suite, le bataillon est réduit en une seule compagnie antichar dépendante de la même brigade. Compagnie qui fusionne en 1993 avec le 12e bataillon de ligne pour former le Bataillon léger 12e de ligne Prince Léopold - 13e de ligne qui deviendra bataillon en 2011.
Le drapeau fut remis au camp de Bourg-Léopold le par le roi Léopold II. Il est brûlé pour éviter la capture à la fin de la campagne des 18 jours. Il porte les inscriptions suivantes :
Colonel BEM Alex MASSART, HISTORIQUE DU 13e REGIMENT D'INFANTERIE DE LIGNE DEPUIS SA CREATION JUSQU'A LA PREMIERE GUERRE MONDIALE 1874-1914, Edition Centre de Documentation Historique des Forces Armées, Sans date circa 1978 [1].
Colonel BEM Alexandre Massart, Historique du 13e de Ligne 1918-1980 et des unités issues en 1939-1940, Centre de Documentation Historique des Forces Armées Belges, 1982
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