Dans la foulée du coup d'État du 12 septembre, Şevket Kazan est arrêté le , soit le surlendemain de l'arrestation de Necmettin Erbakan[2]. En attente de son jugement par les nouvelles autorités, il est placé en détention provisoire dans l'enceinte de l'école de langues et de renseignement de l'armée à Mamak, aux côtés d'autres cadres du MSP. Le , le procureur militaire Nurettin Soyer dépose une plainte contre Şevket Kazan et 33 autres cadres du MSP. Le , leur procès s'ouvre devant le tribunal militaire de première instance d'Ankara[3]. Le , Şevket Kazan et neuf autres membres du Conseil d'administration général du MSP sont libérés[4] alors que leur procès se poursuit[5]. Le , Şevket Kazan est condamné à trois ans et demi de prison pour violation de l'article 163, alinéa 1er du code pénal de 1926(tr) sur la laïcité en Turquie[6]. Le , la 4e chambre de la Cour d'appel militaire annule le verdict ayant abouti à sa condamnation au motif que les preuves présentées lors du procès étaient insuffisantes[3]. Le , les peines de prison prononcées à l'encontre des cadres du MSP (Şevket Kazan compris) sont à leur tour annulées la Cour d'appel militaire[7]. Le , un nouveau procès organisé devant le tribunal militaire aboutit à l'acquittement de Şevket Kazan et de ses coaccusés. Le , l'acquittement est formellement confirmé par la 4e chambre de la Cour d'appel militaire[8].
En 1991, Şevket Kazan est une nouvelle fois élu député de Kocaeli. Pendant son mandat, il se propose d'assurer la défense des accusés du massacre de Sivas mais cela lui est refusé en raison du fait qu'il siège au parlement (ce qui ne l'empêche pas de leur rendre visite en prison et de se présenter au tribunal en tenue d'avocat)[9].
Le , alors qu'il est gravement malade, le président Recep Tayyip Erdoğan se rend à son chevet[10].
