Ces îles se trouvent à petite distance de la côte estonienne. Petite Pakri n'est qu'à trois kilomètres à l'ouest du port de Paldiski situé sur le continent, séparé par un bras de mer dépassant les vingt mètres de profondeur. En direction du sud, les îles sont également distantes de trois kilomètres du continent.
Petite Pakri, l'île la plus à l'est, a une superficie de 12,9 km2 tandis que Grande Pakri a une superficie de 11,6 km2. Ces dimensions en font les huitième et neuvième plus grandes îles d'Estonie. Le point culminant se trouve sur Petite Pakri avec dix-sept mètres d'altitude.