Le premier tour eut lieu le avec 5 tandems candidats. Le taux de participation fut de 79,76 %, avec le résultat suivant :
No.
Candidats
Voix
%
1.
Wiranto - Salahuddin Wahid
26 286 788
22,15 %
2.
Megawati Soekarnoputri - Hasyim Muzadi
31 569 104
26,61 %
3.
Amien Rais - Siswono Yudo Husodo
17 392 931
14,66 %
4.
Susilo Bambang Yudhoyono - Jusuf Kalla
39 838 184
33,57 %
5.
Hamzah Haz - Agum Gumelar
3 569 861
3,01 %
Comme aucun des tandems n’avait obtenu plus de 50 % des voix, un second tour a dû se tenir entre les deux tandems de tête, c’est-à-dire Susilo Bambang Yudhoyono - Jusuf Kalla et Megawati Soekarnoputri - Hasyim Muzadi.
Second tour
Il eut lieu le . Le taux de participation fut de 77,44 %, avec comme résultat :
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