En 1684 s’installe dans cet hôtel le deuxième monastère des Bénédictines de l'Adoration perpétuelle du Très-Saint-Sacrement. Il doit son origine à quelques religieuses que la supérieure du monastère de Toul envoya dans cette ville en 1674, pour les soustraire au climat guerrier découlant du conflit entre Charles IV de Lorraine et Louis XIV.
Ces religieuses furent d'abord recueillies dans le couvent que leur ordre possédait déjà rue Cassette. Ayant ensuite obtenu de l'archevêque de Paris la permission de prendre à loyer une maison habitée par les sœurs de la congrégation de Notre-Dame, et que celles-ci venaient de quitter pour aller s'établir ailleurs, les filles du Saint-Sacrement entrèrent, le 26 octobre 1674, dans cette nouvelle demeure, située rue des Jeûneurs, près de la porte Montmartre. Elles y restèrent jusqu'en 1680, époque à laquelle cette maison fut vendue.
Obligées de chercher un nouvel asile, ces religieuses jetèrent les yeux sur une maison située au-delà de la porte de Richelieu, et s'y installèrent, avec l'espérance d'y faire enfin un établissement durable, en vertu de lettres-patentes qu'elles avaient obtenues de la faveur du roi cette même année. Mais ce logement était trop incommode pour une communauté; et elles cherchaient à acheter une autre maison, lorsque la duchesse d'Aiguillon vint à leur secours.
Cette dame, ayant appris l'embarras dans lequel se trouvaient les filles du Saint-Sacrement, leur fit le don de l'hôtel de Turenne, situé rue Neuve-Saint-Louis au Marais, qu'elle venait d'acquérir peu de temps auparavant du cardinal de Bouillon, en échange de la terre, seigneurie et châtellenie de Pontoise. Ceci arriva en 1684. Elles en firent leur nouveau monastère et acquirent pour le compléter un petit terrain pour y construire leur chapelle d'environ 80 places, avec un maître-autel décoré d'un tableau de Hallé représentant la fraction du pain.
Trop petite pour une population en pleine expansion, en 1823 la Ville de Paris acheta terrains et bâtiments en vue d’édifier une nouvelle église. Le projet fut confié en 1826 à un architecte de renom : Étienne-Hippolyte Godde, qui avait commencé quatre ans plus tôt la construction de Saint-Pierre-du-Gros-Caillou (rue Saint-Dominique dans le 7e). La première pierre a été posée le : une médaille du graveur Ursin Vatinelle, portant l'effigie de Charles X et le dessin de la façade projetée, commémore l'événement.
Le grand orgue sur tribune en façade ouest fut l'un des premiers construits par la maison Daublaine Callinet en 1839 sous la direction artistique de Félix Danjou. Avant d'être acquis par la paroisse Saint-Denys-du-Saint-Sacrement il avait figuré à l'Exposition de l'Industrie où il avait été remarqué et jugé favorablement par Berlioz, Meyerbeer et d'Ortigue. C'était un instrument assez caractéristique de cette période dite "de transition", alliant les héritages du classicisme aux nouveautés d'alors (gambes, dulciane, clarinette à anches libres...). L'orgue disposait initialement de 31 jeux répartis sur 3 claviers et pédalier. Il fut reçu le par les organistes Séjean, Simon, Fessy et le facteur Davrainville. L'orgue a ensuite été restauré à plusieurs reprises, la première fois en 1867 par Cavaillé-Coll, puis en 1883, ensuite 1970 par Gutschenritter, et enfin en 1984 par Jacques Barberis. Il possède désormais 38 jeux ainsi qu'un bel exemple de soufflet (électrifié en 1970). Le facteur d'orgue actuel est Bernard Dargassies, tandis que l'organiste titulaire est depuis l'été 2012 Thierry Adhumeau.
Composition (orgue de tribune)
Grand-orgue 56 notes
Quintaton 16'
Montre 16'
Montre 8'
Bourdon 8'
Flûte 8'
Prestant 4'
Plein-jeu V
Cornet V
Bombarde 16'
Trompette 8'
Clairon 4'
Positif 56 notes
Salicional 8'
Bourdon 8'
Flûte 8'
Flûte 4'
Nasard 2' 2/3
Doublette 2'
Tierce 1' 3/5
Cymbale II
Cromorne 8'
Trompette 8'
Récit expressif 56 notes
Gambe 8'
Voix céleste 8'
Bourdon 8'
Flûte 4'
Octavin 2'
Sesquialtera II
Plein-jeu III
Trompette 8'
Basson-hautbois 8'
Voix humaine 8'
Pédale 30 notes
Soubasse 16'
Flûte 8'
Bourdon 8'
Prestant 4'
Bombarde 16'
Trompette 8'
Clairon 4'
Orgue de chœur
L'orgue de chœur a été construit par Cavaillé-Coll en 1869. Il est à transmissions mécaniques.
Composition (orgue de chœur)
Grand-orgue: 54 notes
Bourdon 16'
Montre 8'
Flûte harmonique 8'
Prestant 4'
Récit expressif : 54 notes
Viole de gambe 8'
Voix céleste 8'
Flûte octaviante 4'
Plein-jeu harmonique
Trompette 8'
Basson-hautbois 8'
Pédale : 30 notes
Soubasse 16'
Bourdon 8'
Œuvres d'art
Aujourd’hui, la notoriété de l’église tient en partie au fait qu’elle abrite (dans la première chapelle à droite)[4] une Pietà inspirée du Rosso Fiorentino exécutée en 17 jours par Delacroix en 1844, « ce chef-d’œuvre qui laisse dans l’esprit un sillon profond de mélancolie » selon Baudelaire[5]
Une restauration en 1998 a révélé la beauté des Pèlerins d’Emmaüs, œuvre peinte à la cire par François-Edouard Picot en 1840 (dans la chapelle Saint-Denis, à gauche du chœur )[6].
Un tableau bien plus ancien - il date de 1618 - est signé Madeleine Petit (bénédictine du Saint-Sacrement) : Un ange tenant la sainte Face entre saint Pierre et saint Paul[9].
La chapelle Saint-Jean-Baptiste (à gauche de l’entrée) abrite un tableau de Gabriel-Christophe Guérin, Le Baptême du Christ (1819).
La paroisse
La communauté paroissiale accueille l'une des maisons du Séminaire de Paris qui forme les futurs prêtres et participe ainsi au dynamisme de la vie paroissiale.
↑Danielle Chadych et Malika Turin, Le Marais: évolution d'un paysage urbain promenades d'architecture et d'histoire, Parigramme, (ISBN978-2-84096-900-6).