Peli julkaistiin samoihin aikoihin X-Men: Viimeinen kohtaaminen -elokuvan kanssa ja pelissä on tapahtumia elokuvasta ja sen edeltäjästä, X-Men 2:sta. Tapahtumat seuraavat erityisesti Wolverinea, Jäämiestä ja Painajaista. Peli myös kertoo tapahtumista elokuvien välissä ja selittää muun muassa fiktiivisen puolen siitä, miksi Painajaista ei nähdä kolmannessa elokuvassa.