Junker lähti ensimmäiselle tutkimusmatkalleen Valkoiselle-Niilille vuonna 1876. Hän tutki sen itäistä sivujokea Sobatia ja siirtyi seuraavana vuonna länteen Bahr al-Ghazalille. Junker tutki Niilin ja Kongon vedenjakajaa edeten Uelen yläjuoksulle saakka. Vuonna 1878 hän palasi Egyptiin.[3]
Vuonna 1879 Junker lähti toiselle matkalle Niilin ja Kongon vedenjakajalle. Hän kuvasi tarkkaan Uelejoen ja osoitti yhdessä George Grenfellin kanssa, että kyseessä on Ubangin lähdejoki.[3] Junkerin paluuta viivästytti Sudaninmahdikapina, jonka aikana hän johti Emin Paššan pelastusretkikuntaa[4]. Vuonna 1886 Junker lähti Afrikan Isojenjärvien kautta itään saapuen lopulta Sansibariin[3].
Junker laati matkoillaan joukon karttoja ja keräsi runsaasti maantieteellistä ja kansatieteellistä aineistoa. Hänen matkakertomuksensa Reisen in Afrika ilmestyi saksaksi kolmessa osassa vuosina 1889–1891.[3][4]
Lähteet
↑Bolšaja Sovetskaja Entsiklopedija, tom 30, s. 405. Moskva: Sovetskaja Entsiklopedija, 1978.