Victor Núñez debytoi Costa Rican maajoukkueessa pian saatuaan maan kansalaisuuden. Hänen ensimmäinen pelinsä oli Etelä-Koreaa vastaan käyty ystävyysottelu 11. helmikuuta2006. Núñez on pelannut kolme maaottelua (tilanne 20. kesäkuuta 2006). Núñez oli nimetty vuoden 2006 MM-kisajoukkueeseen, mutta hän ei pelannut kisoissa yhtään ottelua. [1]