Audouinin päätyö oli Histoire des insectes nuisibles à la vigne (1842), jonka toimittivat valmiiksi Henri Milne-Edwards ja Émile Blanchard Audouinin kuoleman jälkeen. Audouin julkaisi tieteelliset kirjoituksensa yleensä Annales des sciences naturelles -julkaisussa, jota hän oli ollut perustamassa vuonna 1824, tai Ranskan hyönteistieteellisen seuran Société entomologique de Francen sarjoissa: Audouin oli seuran perustajia vuonna 1832.
Audouin oli toimittamassa Dictionaire Classique d'Histoire Naturellea (1822) ja tutki yhteistyössä Milne-Edwardsin kanssa Ranskan rantavesien merieläimiä. Hän myös kirjoitti valmiiksi Marie Jules César Savignyn teoksen Description de l'Egypte lintutieteellisen osion (1826).
Histoire des insectes nuisibles à la vigne et particulièrement de la Pyrale qui dévaste les vignobles des départements de la Côte-d'Or, de Saône-et-Loire, du Rhône, de l'Hérault, des Pyrénées-Orientales, de la Haute-Garonne, de la Charente-Inférieure, de la Marne et de Seine-et-Oise, avec l'indication des moyens qu'on doit employer pour la combattre.... Pariisi, Fortin, Masson, 1842.