Elías ajoi 125cc-luokan MM-sarjassa kaudella 1999 kolme osakilpailua Hondan yksityistallissa ja pääsi seuraavana kautena kiertämään koko MM-sarjan Hondan tehdastallissa. Kaudella 2001 Elías ajoi ensimmäiseen osakilpailuvoittoonsa 125-kuutioisissa ja oli lopulta kokonaispisteissä kolmas. Menestyksekkään kauden jälkeen hän siirtyi sarjaa ylemmän 250cc-luokkaan Aprilialle. Ensimmäinen kausi 250-kuutioisissa meni vielä tuntumaa hakiessa, mutta kausi 2003 oli Elíasin koko uran toistaiseksi paras. Hän voitti viisi osakilpailua ja oli kokonaispisteissä jälleen kolmas.
Kauden 2003 jälkeen Toni Elíasin ura on vähitellen laskenut. Hän voitti kaudella 2004 vielä yhden osakilpailun 250-kuutioisissa Hondalla ja siirtyi sen jälkeen MotoGP-luokkaan Yamahalle. MotoGP-luokassa Elías on voittanut toistaiseksi vasta yhden osakilpailun kaudella 2006 ja on ollut kokonaispisteissä parhaimmillaan yhdeksäs.
Toni Elíasin isä ja isoisä olivat myös kilpa-ajajia.
