Varoitus:Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
Teini-ikäinen Lara Croft on matkalla entisen oppi-isänsä Werner Von Croyn kanssa. Kaksikko etsii mystistä Iristä ja matkustaa kambodžalaiseenAngkor Watin temppeliin. Matka saa yllättävän käänteen, kun Werner joutuu onnettomuuteen ja Lara hylkää hänet pelastaakseen oman henkensä.
Vuonna 1999 Lara löytää Egyptistä muinaisen haudan, jossa egyptiläinen jumala Seth on ollut vangittuna. Vahingossa Lara vapauttaa Sethin ja joutuu taistelemaan aikaa vastaan palauttaakseen jumalan lepopaikkaansa ja estääkseen maailmanlopun. Valitettavasti Sethin riivaamasta Von Croysta tulee Laran uusi kilpailija ja hän vaikeuttaa Laran asioita huomattavasti. Lyödäkseen Sethin Lara joutuu matkustamaan ympäri Egyptiä ja keräämään Horuksen haarniskan osia. Matkan aikana Lara käy AleksandriassaFaroksella, Isiksen ja Poseidonin temppeleissä sekä Kleopatran palatseissa.
Horuksen temppelissä Lara yhdistää haarniskan osat Horuksen amuletin kanssa, mutta ennen kuin Lara ehtii kutsua Horuksen, Seth tuhoaa haarniskan ja iskee amuletin veteen. Lara saa amuletin takaisin, pakenee temppelistä ja sulkee sisäänkäynnin amuletilla. Hän jättää amuletin temppeliin, jotta Seth pysyisi vangittuna ikuisesti. Vahingoittuneena ja uupuneena Lara kohtaa sisäänkäynnillä Von Croyn, jonka Lara pelkää olevan vieläkin vihollinen. Hän haluaa pelastaa Laran sortuvasta temppelistä, mutta Lara irrottaa otteensa Von Croyn kädestä ja putoaa pimeyteen.
