Toissijainen suojelu on oleskeluluvan peruste. Turvapaikanhakijalle, jonka osalta turvapaikan kriteerit eivät täyty, myönnetään turvapaikkahakemuksen perusteella oleskelulupa toissijaisen suojelun perusteella. Lupa myönnetään, jos hakijaa uhkaa kotimaassaan tai pysyvässä asuinmaassaan kuolemanrangaistus, teloitus, kidutus tai muu epäinhimillinen tai ihmisarvoa loukkaava kohtelu tai rangaistus. Lupa myönnetään myös, jos hakija ei voi palata kotimaahansa tai pysyvään asuinmaahansa ilman, että hän joutuu vakavaan henkilökohtaiseen vaaraan siellä vallitsevan aseellisen selkkauksen vuoksi.^[1]

Toissijaisen suojelun kriteerit perustuvat sekä määritelmädirektiiviin että Yhdistyneiden kansakuntien sopimukseen pakolaisten oikeudellisesta asemasta. Toissijaisesta suojelusta on määrätty ulkomaalaislain pykälässä 88, mutta se perustuu määritelmädirektiiviin eikä Suomi määritä sitä kansallisesti. Toissijaisen suojelun soveltamisessa otetaan huomioon kansallisen oikeuskäytännön lisäksi Euroopan unionin tuomioistuimen ratkaisut.^[2]

EU-direktiivi käsittelee oleskeluluvan myöntämistä tilanteissa, joissa on kyse yksilöön henkilökohtaisesti kohdistuvasta uhasta tai vaarasta, mutta direktiivin täytäntöönpanon jälkeisessä oikeuskäytännössä on vakiintunut tulkinta, että toissijaisen suojelun kriteerit voivat poikkeuksellisesti täyttyä pelkästään hakijan lähtöalueen turvallisuustilanteen vuoksi. Euroopan yhteisöjen tuomioistuin (nyk. Euroopan unionin tuomioistuin) linjasi toissijaisen suojelun myöntämisen kriteerejä vuonna 2009 antamassaan tuomiossa C-465/07 Elgafaji. Sen mukaan henkilön ei tarvitse poikkeustapauksessa esittää näyttöä vakavasta henkilökohtaisesta vaarasta silloin, kun käynnissä olevalle aseelliselle selkkaukselle tyypillisen väkivallan aste saavuttaa niin korkean tason, että on merkittäviä perusteita uskoa palautetun siviilihenkilön joutuvan maahan palaamisensa vuoksi todelliseen vaaraan.^[2]

Siinä missä turvapaikan saanut on oikeutettu pakolaisen matkustusasiakirjaan, toissijaista suojelua saava on oikeutettu muukalaispassiin, jolla matkustus on jossain määrin vaikeampaa.^[3]