Kuningas Gyanendra nimitti hänet viidennen kerran 4. kesäkuuta 2003. Hän erosi 7. toukokuuta 2004, kun tyytymättömyys pakotti kuninkaan nimittämään uuden hallituksen. Pääministeriksi palasi hänen edeltäjänsä Sher Bahadur Deuba 2. kesäkuuta.
Thapalla suoritti korkeakoulututkinnon (B.A.) Allahabadin yliopistossa Intiassa ja sai kirjallisuuden kunniatohtorin arvon Kurukshetran yliopistosta. Hänellä oli poika ja kolme tytärtä.