Stefano Perugini ajoi ensimmäisen osakilpailunsa Italian GP:ssä vuonna 1993 125-kuutioisissa. MM-sarjaa hän alkoi kiertää varsinaisesti seuraavana vuonna. Ensimmäinen osakilpailuvoitto tuli vuonna 1996 Malesian osakilpailussa. Kausina 1997-1999 Perugini ajoi 250-kuutioisilla ja palasi sitten takaisin 125-kuutioisiin. Peruginin paras kausi oli 2003, jolloin hän voitti kaksi osakilpailua Aprilialla ja oli MM-sarjan neljäs. Perugini lopetti uransa kauden 2004 jälkeen.