Klooninen hyökkäys sijoittuu tapahtumiltaan 10 vuoden jälkeen Pimeän uhan tapahtumista. Galaksi on ajautumassa sotaan, kun tuhannet aurinkokunnat pyrkivät entisen jediritarin, kreivi Dookun, huokuttelemina eroamaan Tasavallasta. Naboon senaattori Padmé Amidalan jouduttua salamurhayrityksen uhriksi, Anakin Skywalker jää suojelemaan häntä ja Obi-Wan Kenobi lähtee selvittämään salamurhaajan mysteeriä. Lopulta Anakin, Padmé ja Obi-Wan päätyvät todistamaan Kloonisotien alkua.
Elokuva sai ensi-iltansa 16. toukokuuta 2002. Eräät kriitikot pitivät sitä parempana kuin Pimeää uhkaa, kun taas toiset pitivät sitä elokuvasarjan huonoimpana elokuvana. Elokuva tuotti maailmanlaajuisesti yli 649 miljoonaa dollaria. Esiosatrilogian kolmas ja viimeinen elokuva Star Wars: Episodi III – Sithin kosto sai ensi-iltansa vuonna 2005.
Kymmenen vuotta Kauppaliiton toteuttaman Naboon saarron jälkeen, Galaktista tasavaltaa uhkaavat Itsenäisten aurinkokuntien konfederaatioksi kutsuttu separatistijärjestö, jota johtaa entinen jedimestari kreivi Dooku. Senaattori Padmé Amidala saapuu Coruscantille äänestämään armeijan luomisesta tasavallalle auttamaan jedejä taistelussa tätä uhkaa vastaan. Padmé yritetään salamurhata, joten jediritari Obi-Wan Kenobi ja tämän oppilas Anakin Skywalker lähetetään suojelemaan häntä. Jedit estävät toisen salamurhayrityksen ja saavat kiinni sitä yrittäneen muodonmuuttajan Zam Wesselin. Salamurhayrityksen tilannut palkkionmetsästäjä ehtii kuitenkin tappaa Wesselin juuri kun tämä oli paljastamassa murhaajan henkilöllisyyttä. Obi-Wan lähetetään selvittämään palkkionmetsästäjän henkilöllisyyttä. Anakin saattaa Padmén takaisin Naboohon, jossa he alkavat rakastua toisiinsa.
Obi-Wan seuraa johtolankoja kaukaiselle meriplaneetalle nimeltä Kamino, missä hän saa tietää paikallisten tuottavan palkkionmetsästäjä Jango FettinDNA:sta tehtyä kloonisotilaiden armeijaa Tasavallalle. Obi-Wan päättelee Jangon olevan Padmén salamurhan tilaaja ja seuraa häntä ja tämän adoptiopoikana kasvatettua kloonia Bobaa aavikkoplaneetta Geonosikselle näiden alukseen, Slave I:een, asennetun jäljittimen avulla. Sillä välin Anakin näkee näkyjä äidistään Shmistä kärsimässä ja lähtee Padmén kanssa Tatooinelle pelastamaan tämän. Siellä he tapaavat Anakinin velipuolen Owen Larsin, jonka isä Cliegg Lars on Shmin aviomies. Cliegg kertoo Shmin joutuneen Tuskenin ratsastajien käsiin. Anakin löytää näiden kylän, mutta hänen äitinsä kuolee ratsastajien aiheuttamiin vammoihin. Anakin tappaa raivoissaan kaikki kylän asukkaat ja palaa Larsien luokse äitinsä ruumis mukanaan. Paljastettuaan tekonsa Padmélle, Anakin päättää haluavansa estää ketään enää kuolemasta.
Geonosiksella Obi-Wan saa tietää kreivi Dookun järjestäneen Padmén salamurhayrityksen ja luoneen Kauppaliiton varakuningas Nute Gunrayn kanssa uuden taisteludroidien armeijan. Yrittäessään kertoa tästä Anakinille ja jedineuvostolle Obi-Wan joutuu vangiksi. Gunganeiden edustajaksi senaatissa noussut Jar Jar Binks ehdottaa hätävaltuuksien myöntämistä ylikansleri Palpatinelle, jonka määräyksestä klooniarmeija lähetetään taisteluun jedien ohella. Anakin ja Padmé saapuvat Geonosikselle pelastamaan Obi-Wania, mutta joutuvat itsekin vangeiksi. Heidät tuomitaan hirviöiden tapettaviksi. Hirviöt kuitenkin tapetaan ja pataljoona jedejä sekä kloonisotilaita saapuu paikalle Mace Windun ja Yodan johtamina. Kloonien ja droidien taistellessa, Obi-Wan ja Anakin kohtaavat Dookun valosapelitaistelussa. Dooku haavoittaa Obi-Wania ja katkaisee Anakinin toisen käsivarren, jonka jälkeen Yoda kohtaa hänet. Yodan osoittautuessa liian voimakkaaksi vastustajaksi Dooku päättää paeta. Saapuessaan Coruscantille hän tuo uuden superaseen piirustukset sith-mestarille, Darth Sidioukselle, joka toteaa suunnitelmien edenneen juuri kuten pitikin. Jedit tunnustavat kloonisotien alkaneen, kun taas Anakinille asennetaan mekaaninen käsi ja hän menee salaa naimisiin Padmén kanssa C-3PO:n ja R2-D2:n ollessa todistajina.
George Lucas valitsi Hayden Christensenin tuhansien ehdokkaiden joukosta, joihin kuului myös Leonardo DiCaprio. Kloonien hyökkäys oli ensimmäinen Tähtien sota -elokuva, jossa Yoda oli toteutettu tietokoneanimaatiolla. Yodan ääninäyttelijä, Frank Oz, oli yhä sama kuin Imperiumin vastaiskussa. Kloonisotilaat tehtiin myös tietokoneanimaatioina, ja niiden ääninäyttelijä oli Jango Fettin näyttelijä Temuera Morrison.
Oheistuotteet
Kloonien hyökkäykseen pohjautuu kaksi videopeliä, Star Wars: Jedi Starfighter ja Star Wars Episode II: Attack of the Clones. R. A. Salvatore kirjoitti elokuvaan perustuvan kirjan, Kloonien hyökkäys.[3] Elokuvan musiikin on säveltänyt John Williams, ja sitä on julkaistu CD-levyllä. Suurin osa elokuvan musiikista on otettu Pimeästä uhasta.
3D
Star Wars Celebration VI -tilaisuudessa kerrottiin, että Kloonien hyökkäys julkaistaan 3D:nä teattereissa 20. lokakuuta 2013. 3D-levitys kuitenkin hyllytettiin toistaiseksi Disneyn ostettua Star Warsin, jotta tulevaan Episodiin VII voitaisiin paneutua paremmin. Vuonna 2013 Star Wars Celebration Europe II -tapahtumassa näytettiin Episodi II valkokankaalta 3D:nä.