Pignedoli syntyi Reggio Emiliassa ja opiskeli seminaarissa siellä. Muita opintojaan hän suoritti Milanossa Katolisessa yliopistossa sekä Roomassa Paavillisessa lateraaniyliopistossa ja Paavillisessa gregoriaanisessa yliopistossa. Pappisuransa aikana hän toimi muun muassa sotilaskappalaisena toisessa maailmansodassa.
Pignedoli pääsi vuonna 1955Milanon apulaispiispaksi. Hän osallistui Vatikaanin toiseen kirkolliskokoukseen vuosina 1962–1965. Hän toimi myös kirkon diplomaattisissa tehtävissä Etelä-Amerikassa, Afrikassa ja Kanadassa. Hänestä tuli vuonna 1967 Kansojen evankelisaation kongregaation sihteeri. Vuonna 1973 hän nousi Uskontojen välisen dialogin paavillisen neuvoston puheenjohtajaksi, jona hän toimi kuolemaansa saakka.