Joki saa alkunsa Lempaalan mäiltä ja laskee Vuokseen Kiviniemen lähistöllä. Sen sivujokia ovat Tungelmajoki, Valkoja (Belaja) ja Petäjoki (Petrovka). Saijanjoen yläjuoksu toimi vuoden 1323 Pähkinäsaaren rauhasta lähtien Ruotsin ja Novgorodin sekä myöhemmin Suomen ja Venäjän rajajokena.