Ensimmäisen sukupolven Saab 9-3 esiteltiin helmikuussa 1998. Se perustuu samalle pohjalevylle ja samaan koriin kuin edeltäjänsä, mutta valmistajan mukaan siihen oli tehty yli tuhat erilaista uudistusta. Puskurit olivat aiempaa muhkeammat ja muutoksia oli tehty myös ajovaloihin ja etusäleikköön. Takarekisterikilpi oli nyt sijoitettu takavalojen väliin. Etuakseliston joustovaroja oli lisätty ja ohjausvälitystä nopeutettu, millä pyrittiin saamaan ajo-ominaisuuksista jämäkämmät. Sisätiloissa ohjauspyörä ja mittaristo oli muutettu samanlaisiksi kuin suuremmassa 9-5-mallissa. Samoin uudet etuistuimet olivat suuremmasta mallista peräisin, ja niissä oli aktiiviset pääntuet sekä suuret sivuturvatyynyt, jotka suojaavat myös päätä.[1]
Vuoden 2000 Euro NCAP -kolaritestistä 9-3 sai tulokseksi neljä tähteä viidestä.[2]
Moottorivalikoimassa olivat samat nelisylinteriset 2,0- ja 2,3-litraiset bensiinimoottorit kuin edeltäjässä, mutta V6-moottori oli poistettu valikoimasta, samoin kuin Sensonic-robottivaihteisto. Uutuutena oli kuitenkin 2,2-litrainen TiD-dieselmoottori (115 hv), joka oli peräisin Opelilta.[1]
Vuosimallissa 1999 2,3-litraisen korvasi turboahdettu 2,0-litrainen (154 hv), jonka yläpuolelle tuli vielä 200-hevosvoimainen Turbo Sport -versio. Sen varusteluun kuului urheilullinen alusta, 16 tuuman kevytmetallivanteet, takaspoileri, nahkaverhoilu ja sähkösäätöiset etuistuimet kuljettajan istuimen muistitoiminnolla.[1]
Turbo Sportin korvasi vuosimallissa 2000 Aero, jonka moottorissa oli tehoa 205 hevosvoimaa. Malliston huipulle tuli 2,3-litrainen (230 hv) Viggen, jossa oli suuri takaspoileri, helmalevikkeet ja 17 tuuman kevytmetallivanteet.[1] Malli lainasi nimensä Saab 37 Viggen -suihkuhävittäjältä, ja sitä valmistettiin ainoastaan Suomessa Uudenkaupungin autotehtaalla.
Vuosimallissa 2001 takaspoileri tuli kaikkien mallien vakiovarusteeksi. Turboahdetun 2,0-litraisen teho laski 150 hevosvoimaan ja dieselmoottorin teho puolestaan nousi 125 hevosvoimaan. Viggen poistui Euroopan markkinoilta, mutta Aeroon lisättiin Viggenin tyyliset muhkeammat puskurit.[1]
Vuosimallin 2002 uutuus oli Turbojubilee, jossa oli normaalin SE-varustelun lisäksi 16 tuuman kevytmetallivanteet, korinväriset puskurin alaosat, osittain nahkaverhoillut istuimet ja kojelaudan hiilikuitukoristeet.[1]
Vuoden 2002 alussa mallistosta poistui SE, jolloin jäljelle jäivät perusmalli, Turbojubilee ja Aero. Perusmalliin kuului Jubilee-paketti 1, joka sisälsi manuaali-ilmastoinnin ja nahkaverhoillun ohjauspyörän. Lisähintaan saatavassa 2-paketissa oli lisäksi automaatti-ilmastointi ja kevytmetallivanteet. Driving-pakettiin kuului ajotietokone ja vakionopeudensäädin, Sport-pakettiin puolestaan 2,0-litraisen virityssarja, joka nosti tehon 170 hevosvoimaan, sekä urheiluohjauspyörä.[1]
Toisen sukupolven Saab 9-3 esiteltiin kesällä 2002. Se perustuu samalle General Motorsin Epsilon-pohjalevylle kuin esimerkiksi Opel Vectra C ja Fiat Croma. Suurin muutos edellismalliin verrattuna on korimallin muutos viistoperästä nelioviseksi sedaniksi. Vuonna 2004 esiteltiin kangaskattoinen avomalli, jota valmisti Magna Steyr Itävallassa, ja seuraavana vuonna farmarimalli SportCombi.
Vuoden 2002 Euro NCAP -kolaritestistä 9-3 sai tulokseksi täydet viisi tähteä.[3] Erikseen vuonna 2004 testattu cabriolet ansaitsi sekin viisi tähteä.[4]
Kesällä 2007 malli sai uudelleenmuotoillut puskurit, ajovalot ja etusäleikön. Takavaloista tuli läpinäkyvät. Sedanin ja farmarin ovista poistettiin kylkilistat ja lisäksi myös ovenkahvat vaihdettiin uudenmallisiin. Cabrioletin oviin ei tehty muutoksia.
Toinen, pienempi kasvojenkohotus tuli vuonna 2011, jolloin auton keulan ilmettä muokattiin vastaamaan uutta 9-5-mallia.
Saabin mentyä konkurssiin vuonna 2012 mallin valmistusoikeudet myytiin National Electric Vehicle Swedenille, joka aloitti 9-3 Aero -mallin valmistuksen uudelleen joulukuussa 2013 Saabin entisellä tehtaalla Trollhättanissa. Tuotanto päättyi lopullisesti toukokuussa 2014.