Rishirin–Rebunin–Sarobetsun kansallispuisto koostuu Rishirin ja Rebunin saarista, Wakkanain ja Wakkasakanain rannikoista sekä Sarobetsun tasangosta. Pyöreän Rishirin saaren keskellä kohoaa 1 721 metriä korkea Rishiri-tulivuori. Saari sijaitsee Japaninmeressä, noin 20 kilometriä Hokkaidōlta. Rishirin saaresta 10 kilometriä luoteeseen sijaitsee Rebunin saari, jonka korkein kohta on 490-metrinen Rebun-vuori. Molempien saarien tunnusomainen piirre ovat alppikasvit.
Wakkanain ja Wakkasakanain rannikoilla on pitkiä hiekkadyynejä, soita ja lampia. Sarobetsun kosteikko on yksi Japanin suurimmista kosteikoista.
