Rafinha pelasi kotimaassaan Brasiliassa Campinas FC:n riveissä. Pelaajaura Suomessa alkoi, kun hän siirtyi kaudeksi 2005 Ykkösessä pelanneeseen AC Ouluun.[1] Rafinha pelasi kausina 2005–2006 yhteensä 44 Ykkösen ottelua ja teki niissä 12 maalia. Hänet palkittiin kaudella 2006 Ykkösen vuoden pelaajana, ja AC Oulu nousi Veikkausliigaan. Rafinha debytoi Veikkausliigassa 21. huhtikuuta 2007 ottelussa AC Oulu–FC Viikingit. Hän pelasi kaudella 2007 yhteensä 22 liigaottelua. AC Oulu jäi liigassa viimeiseksi ja putosi takaisin Ykköseen.
Rafinha siirtyi kaudeksi 2008 Veikkausliigan ja Suomen Cupin voittaneeseen Tampere Unitediin.[2] Hän pelasi kaudella 2008 yhteensä 23 liigaottelua sekä neljä Mestarien liigan karsintaottelua. TamU oli kaudella 2008 Veikkausliigassa seitsemäs. Kaudella 2009 liigaotteluita kertyi 25 ja TamU oli liigassa edelliskauden tapaan seitsemäs. Rafinha siirtyi kaudeksi 2010 Veikkausliigan voittaneen HJK:n riveihin.[3] Hän pelasi kaudella 2010 yhteensä 24 liigaottelua sekä kuusi Mestarien liigan ja Eurooppa-liigan karsintaottelua. HJK voitti kaudella 2010 Suomen mestaruuden toisen kerran peräkkäin. Kaudella 2011 otteluita kertyi liigassa yhteensä 20 ja europeleissä viisi. HJK voitti kaudella 2011 kolmannen peräkkäisen Suomen mestaruuden sekä Suomen Cupin.
Rafinha siirtyi elokuussa 2011 Belgian liigassa pelanneen Gentin riveihin.[4] Rafinha debytoi Belgian liigassa 11. syyskuuta 2011 ottelussa Zulte Waregem–Gent. Hän pelasi kaudella 2011–2012 yhteensä 20 liigaottelua. Gent oli kaudella 2011–2012 Belgian liigassa neljäs. Kaudella 2012–2013 Rafinha pelasi 24 liigaottelua ja kaudella 2013–2014 pelejä kertyi 21. Gent sijoittui liigassa keskikastiin. Kausi 2014–2015 oli Gentille menestys, kun seura voitti historiansa ensimmäisen Belgian mestaruuden. Rafinha pelasi mestaruuskaudella 19 liigaottelua. Gent pääsi seuraavaksi kaudeksi Mestarien liigan lohkovaiheeseen. Rafinha debytoi Mestarien liigassa 16. syyskuuta 2015 ottelussa Gent–Lyon. Hän pelasi kaudella 2015–2016 Belgian liigassa 17 ottelua ja Mestarien liigassa kuusi ottelua. Gent oli kaudella 2015–2016 Belgian liigassa kolmas. Rafinha pelasi Gentissä viiden kauden aikana yhteensä 101 Belgian liigan ottelua.
Rafinha siirtyi takaisin HJK:n riveihin kesällä 2016.[5] Hän pelasi loppukauden aikana 13 ottelua Veikkausliigassa. HJK oli kaudella 2016 sarjassa toinen. Rafinha pelasi kauden 2017 HJK:n kapteenina ja johdatti joukkueen sekä Suomen mestaruuteen että Suomen Cupin voittoon. Hän pelasi kaudella 2017 yhteensä 31 liigaottelua ja solmi kauden päätteeksi kahden vuoden jatkosopimuksen.[6] HJK voitti Suomen mestaruuden myös kaudella 2018 ja Rafinha pelasi 24 liigaottelua. Kaudella 2019 pelejä kertyi yhteensä 27, ja HJK oli liigassa viides. Rafinha pelasi kausina 2010–2011 ja 2016–2019 yhteensä 139 Veikkausliigan ottelua HJK:n paidassa. Hän palasi 13 vuoden tauon jälkeen Ykkösessä pelaavaan AC Ouluun kaudeksi 2020.[7] Rafinha pelasi kaudella 2020 yhteensä 21 ottelua, kun AC Oulu voitti Ykkösen ja nousi Veikkausliigaan. Rafinha teki AC Oulun kanssa sopimuksen myös kaudesta 2021.[8]