Pelaaja on Pokémon-kouluttaja, joka saa valita yhden Pokémonin aloituspokémonikseen kolmesta vaihtoehdosta: Treecko, Torchic tai Mudkip. Kun Pokémon on valittu, saa naapurissa asuva pelihahmon ystävä yhden kahdesta jäljelle jääneestä pokémonista, jolla on aina etulyöntiasema pelaajan Pokémonia kohtaan. Pelissä napataan Pokémoneja, yritetään voittaa voimakkaat kahdeksan salipäällikköä jotka ovat eri puolilla pelialuetta ja lopulta tavoitteena on päästä Pokémon-liigaan jossa voi voittaa Pokémon-mestaruuden.
Riippuen pelistä, pelaaja kohtaa vastustajinaan joko Magmaryhmän (Pokémon Ruby) tai Aquaryhmän (Pokémon Sapphire) useasti pelin varrella. Peleissä on joitain Pokémoneja, jotka on vaihdettava pelien välillä, jotta kaikki Pokémonit saataisiin yhteen peliin.
Pokémon Ruby ja Sapphire -peleissä jokaiselle Pokémonille annetaan jokin erikoistaito tai -voima. Uudistuksia ovat myös marjat, joita kastelemalla saattaa saada monia eri marjoja, joista osaa käytetään Pokémonien auttamiseen taistelussa tai sen jälkeen, ja osaa Pokéblockien, eräänlaisten Pokémoneille tarkoitettujen karkkien tekemiseen. Pelissä voi tavata - versiosta riippuen – Latioksen tai Latiaksen. Pokémon-liigan voitettuaan pelaaja voi hieman ennen Pacifidlog Townia olevasta "Taivaspilarista" (Sky Pillar) löytää legendaarisen Rayquaza-Pokémonin.
Jokaisella Pokémonilla on nyt kyky (Ability), joka esimerkiksi laukaisee säämuutoksen tai estää tietynlaisten iskujen käyttämisen, sekä luonne (Nature), jotka vähentävät yhtä statia samalla kasvattaen toista.
Tuplataistelut (Double Battles), joissa yhteensä neljä pokémonia on yhtä aikaa kentällä, ovat mahdollisia.
Pokémon-kilpailut (Pokémon Contest), joissa pokémonit kilpailevat eri kategorioissa.
