Pohjois-Makedonia sijaitsee sisämaassa Balkanilla ja on osa laajempaa Makedonian maantieteellistä aluetta, josta loppu jakautuu Kreikan, Bulgarian ja Albanian kesken. Makedonian tasavalta (25 713 km2[1]) kattaa runsaan kolmanneksen historiallisen Makedonian alueesta. Noin puolet alueesta (34 411 km2) on Kreikan aluetta ja kymmenesosa Bulgarian.[2]
Pohjois-Makedonia sijaitsee Šar- ja Rhodope-vuorten välissä Vardar-joen laaksossa. Makedonian etelärajalla sijaitsee kolme suurta järveä, jotka raja leikkaa kahtia – Ohrid, Prespa ja Dojran. Maan alue on seismisesti aktiivista ja siellä on ollut useita tuhoisia maanjäristyksiä, viimeisin vuonna 1963, jolloin pääkaupunki Skopje vaurioitui pahoin.[3]
Pohjois-Makedonian kymmenen korkeinta vuorta ovat:lähde?
Pohjois-Makedonian ilmastoon kuuluvat kylmät talvet ja lämpimät kesät. Ylänköalueilla on talvisin pitkään lunta. Skopjen tilastot edustavat maan tyypillistä ilmastoa melko hyvin.[4] Siellä on heinä- ja elokuun keskimääräinen päivän ylin lämpötila noin 30 astetta, ja keskimääräinen alin joulukuusta helmikuuhun pakkasen puolella.[5]
Ohridin alue kuuluu Unescon maailmanperintöluetteloon sekä luonto- että kulttuuriarvojen takia.[6]
Pohjois-Makedoniassa on tavattu 330 lintulajia, joista kolmannes on muuttolintuja. Kahdeksan eläinlajia on suojeltu, niihin kuuluvat karhu, kultasakaali ja ilves. Susia sen sijaan pidetään haittaeläiminä, ja niitä surmataan vuosittain noin 350. Karhunmetsästys on kielletty vuonna 1996 ja hirvieläinten metsästystä on säännelty metsästysluvin, mutta niiden kantojen arvioidaan silti pienenevän.[7]