Boijen vanhemmat olivat majuri Hans Boije af Gennäs ja Gertrud Helena Bergk. Hänen puolisonsa oli 1749–1752 Jaquette Margareta Falkenberg. Boije tuli vapaaehtoiseksi tykistössä 1734. Hänet ylennettiin konstaapeliksi 1738, kersantiksi 1740 ja hattujen sodan alussa 1741 aliluutnantiksi. Uudenmaan ja Hämeen läänin rakuunarykmentin luutnantiksi hänet ylennettiin 12.11.1744 ja kapteeniksi 24.9.1750. Maaliskuussa 1763 hän erosi armeijasta ja sai talonpoikaissäädyn ehdotuksesta sotaneuvoksen arvonimen.[1]
Boije oli Ruotsin säätyvaltiopäiville 1756–1757 Suomen asiain valmistelukunnan puheenjohtaja. Seuraavilla valtiopäivillä 1760–1762 Suomen asiain valmistelukunnan puheenjohtajaksi valittiin Otto Ernst Boijen isän pikkuserkku Hans Henrik Boije. Otto Ernst Boije nousi valtiopäivillä valmistelukunnan jäseneksi. Valmistelukunnan tärkeimpiä saavutuksia oli Suomea koskevan vuoden 1762 isojakoasetuksen laatiminen.[1]
Boije omisti TyrvännölläLahdentaan kartanon. Hän harjoitti puutarhanhoitoa, perunanviljelyä ja lammastarhausta. Hän perusti Lahdentakaan ja Mäenpäähän kehruukoulun ja 1762 Hämeenlinnaan pellavatehtaan. Vuosina 1766-1767 tehtaassa oli 40 työntekijää ja kangaspuita oli käytössä 20. Tehtaan ansiosta pellavanviljely kasvoi Hämeenlinnan ympäristössä laajaksi. Maaherraksi Kuopioon asetuttuaan Boije myi Lahdentaan vävylleen vapaaherra Bengt Axel Boijelle. Pellavatehtaan toiminta loppui 1774 mutta pellavan kudontaa jatkui Hämeenlinnassa sen jälkeenkin. [3][1][4][5]
