Hänen sukunsa on eri myyteissä kuvattu hyvin eri tavalla. Yleensä hänet kuvataan Haian ja Nunbarsegunu (tai Nissaban) tyttäreksi. Toisaalta hän saattoi olla myös Anun ja Nammun tytär. Ninlilin ja Enlilin lapsia olivat ainakin kuun jumala Nanna ja kuoleman jumala Nergal. Myös Ninazu ja Ninurta mainitaan joissain teksteissä Ninlilin lapsina.