Niilo Albanus Mäkipaja, vuoteen 1946 Mäkinen (14. elokuuta 1893 Jyväskylä – 14. syyskuuta 1953 Jyväskylä) oli suomalainen lääkäri, joka sai professorin arvonimen.^[1][2]

Mäkipajan vanhemmat olivat seppämestari Albanus Mäkinen ja Ida Maria Pöyhönen ja puoliso vuodesta 1922 Viivi Viktoria Siikanen. Mäkipaja tuli ylioppilaaksi 1913 ja valmistui lääketieteen kandidaatiksi 1918 ja lisensiaatiksi 1924. Lääketieteen ja kirurgian tohtoriksi hän väitteli 1933. Mäkipaja oli Parkanon kunnanlääkäri 1922–1926, Takaharjun parantolan alilääkäri 1926–1927 ja ylilääkäri 1927–1930 ja Keski-Suomen parantolan ylilääkäri 1930–1953. Hänellä oli myös useita asiantuntija- ja luottamustehtäviä. Professorin arvonimen hän sai 1951.^[1][2]

• Beiträge zur Kenntnis über den Grundumsatz bei Lungentuberkulose, Helsinki: Helsingin yliopisto, 1932 (väitöskirja)
• Keski-Suomen parantolan laajentamiskysymys: alustus Keski-Suomen parantolan johtokunnan puolesta liittovaltuuskunnan kokouksessa marrask. 28 p. 1936, Jyväskylä, 1937 (10 s.)