Maaliskuussa 1861 hän saapui St. Louisiin komentamaan D-komppaniaa 2. USA:n jalkaväkeen. Hän epäili kaupungin kuvernöörin antavan salaa aseita etelävaltioille Unionin asevarastosta, ja marssitti joukkonsa piirittämään Missourin osavaltion joukkojen leiriä. Seurauksena oli mellakointia St. Louisissa ja 10. toukokuuta 1861 hänen joukkonsa avasivat tulen siviilijoukkoon, jolloin 28 ihmistä kuoli ja 77 haavoittui. Tämän jälkeen hänet ylennettiin prikaatinkenraaliksi ja hän sai komentoonsa Unionin joukot Missourissa. Lyon julisti sodan St. Louisin kuvernööri Claiborne J. Jacksonia ja Missourin osavaltiokaartia vastaan. Lyon jahtasi Jacksonia Jeffersonvilleen, josta kuvernööri pakeni osavaltion hallinnon kanssa Boonevilleen, ja Lyon nimitti tilalle oman hallituksensa.