Elokuva oli ehdolla kolmeen Oscar-palkintoon (paras laulu, paras äänitys ja parhaan äänitehosteet) ja yhteen BAFTA:an ja Golden Globeen. Glen Ballard ja Alan Silvestri voittivat sävellyksestään Believe parhaan elokuvaan, televisioon tai muuhun visuaaliseen mediaan tehdystä laulusta Grammy-palkinnon.[2]
Napapiirin pikajuna kertoo tarinan noin kymmenvuotiaasta pojasta, Stevenistä, joka toivoo jouluaattona uskoa joulun todelliseen henkeen. Tämän jälkeen pojan kotiovelle ilmestyy maaginen juna, jota kutsutaan Napapiirin pikajunaksi, ja hän saa kutsun matkalle pohjoisnavalle.
Varoitus:Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
Steven-niminen poika ei saa jouluaattoyönä unta. Hän alkaa pohtia Joulupukin olemassaoloa ja joulun todellista merkitystä. Juuri kun hän on nukahtamaisillaan viereiselle kadulle puksuttaa juna. Steven lähtee ulos katsomaan junaa tarkemmin tehden vahingossa reiän takkiinsa. Kadulla konduktööri pyytää poikaa tulemaan mukaan, mutta poika on vastahakoinen mukaan tulemisesta. Steven hyppää silti kyytiin. Junassa hän tapaa samanikäisen tytön. Lisäksi hän törmää silmälasipäiseen kaikkitietävään Rickiin, joka kertoo Stevenille innoissaan joulusuunnitelmistaan saada kaikki maailman lelut joululahjaksi. Saavuttuaan junalla Michiganin syrjäseuduille junaan on tulossa vielä pieni poika ja viimeinen kyytiin nouseva. Hän ei kuitenkaan halua tulla, mutta muuttaa hetkessä mielensä ja alkaa juosta junan perässä.
Steven jarruttaa junan hätäjarrusta ja poika pääsee kyytiin. Konduktööri ei ole juurikaan mielissään Stevenin jarrutuksesta, mutta hyväksyy tämän sillä poika kerkesi Stevenin ansiosta mukaan. Poika kuitenkin eristäytyy yksin toiseen vaunuun. Konduktööri kutsuu maagisella puhelimella vaunuun tanssivia kokkeja ja tarjoilijoita jotka tarjoilevat lapsille railakkaan musiikin tahdissa maailman parhaaksi kutsuttua kaakaota. Huomatessaan, ettei poika ole saanut kaakaota, konduktööri ja tyttö käyvät viemässä sitä hänelle. Samaan aikaan Steven huomaa tytön unohtaman matkalipun, jota palauttaessaan hän vahingossa kadottaa sen. Kun asia käy ilmi konduktöörille, hän ottaa tytön mukaansa. Kuitenkin Steven onnistuu nappaamaan lipun mukaansa ilmastointiventtiilistä, ja menee etsimään molempia katolta nähtyään heidän varjokuvansa ikkunasta.
Junan katolla hän tapaa vapaamatkustajan, joka väittää olevansa napapiirin kuningas. Kuullessaan lipputilanteesta hän auttaa Stevenia junan etuosaan, missä käy ilmi, että konduktööri on antanut tytön ohjata junaa, kun varsinainen kuljettaja korjaa etuvaloa hiilimiehen kanssa. Nähdessään kuitenkin lauman poroja Steven pysäyttää tytön neuvomana junan. Asia kuitenkin ratkeaa, kun porot hajaantuvat, kun hiilimies ääntelee kovaa, kun häntä vedetään parrasta. Kuitenkin junan jarru menee rikki, ja melkein johtaa junan uppoamisen järveen, kunnes hiilimies korvaa puuttuvan jarrusokan hiusneulalla. Samaan menoon käy ilmi, miksi Steven ja poika ovat junassa; he ovat siellä, koska toisin kuin tyttö, kumpikaan heistä ei ole täysin varma joulusta saati sen tärkeydestä.
Perillä lapset saatetaan napapiirin keskipisteelle, jossa tontut ja Joulupukki kokoontuvat ennen keskiyötä. Kuitenkin Steven ja tyttö huomaavat, että poika ei tule jonottamaan, ja he lähtevät noutamaan tätä. Kuitenkin Steven vahingossa polkaisee junanvaunun irti junasta, ja päätyy tytön ja pojan kanssa tehtaalle taustalla kilisevän kulkusen ohjaamana. Nähtyään tehtaan toimintatapoja he päätyvät hihnalinjalle, missä poika näkee elämänsä ensimmäisen paketin. Sen napattuaan hän päätyy hihnan kautta kouruun, jota kautta hän, Steven ja tyttö päätyvät pukin lahjakonttiin. Siellä käy ilmi, että Rick on seurannut heitä, ja päätynyt sinne heitä aikaisemmin. He kaikki päätyvät tonttujen auttamana keskustaan, missä konduktööri toivottaa heidät takaisin tervetulleiksi.
Nähdessään Joulupukin Steven näkee, kun reestä putoaa kulkunen, jonka ottaessaan hän huomaa, ettei se toimi. Kuitenkin vakuuttaessaan, että hän uskoo Joulupukkiin, hän kuulee sen kilinän, ja huomaa Joulupukin seisovan takanaan. Lopulta kun Joulupukki ojentaa lahjojaan, hän antaa Stevenin valita oman lahjansa, joksi Steven valitsee kulkusen. Kuitenkin hän vahingossa kadottaa sen, ja lähtee surumielin pois napapiiriltä, kunnes näkee ilokseen, että poika kotiin päästessään saa vihdoinkin hänelle toimitetun joululahjansa. Hyvästellessään Rickin, tytön, konduktöörin ja junan päällä olevan vapaamatkustajan Steven menee kotiinsa ja herää joulupäivänä. Kaikkien pakettien jälkeen hän huomaa yhden erillisen paketin, missä on hänen alun perin kadottamansa kulkunen ja lappuun kirjoitettu Joulupukin tervehdys. Lopulta tajutessaan olevansa siskonsa kanssa ainoa, joka kykenee kuulemaan kilinän hän tajuaa kulkusen merkityksen; se soi vain niille, jotka uskovat Joulupukkiin ja itse todelliseen joulun merkitykseen.
