Laulu syntyi vuonna 1844, kun joukko Bratislavan evankelis-luterilaisen lyseon oppilaita osoitti mieltään Levočan kaupungissa erään slovakialaisen patriootin maastakarkotusta vastaan. Laulun sanoitti Janko Matúška levottomuuksien aikaan 1844, mutta sen sävel on otettu slovakialaisesta kansanlaulustaKopala studienku.[1] Laulusta tuli suosittu vuosien 1848/49 levottomuuksien aikaan. Ensimmäinen painettu versio julkaistiin 1851. Vuonna 1920 laulun ensimmäisestä säkeistöstä tuli vastamuodostetun Tšekkoslovakian kansallislaulun osa. Se soitettiin välittömästi tšekkien kansallislaulun Kde domov můj jälkeen. Slovakian ollessa itsenäinen valtio vuosina 1939-1945, sen kansallislauluna oli panslaavilainen hymni Hej, sloveni sen alkuperäisessä, slovakiankielisessä muodossa Hej, slováci. Vuonna 1945 Tšekkoslovakian yhtenäisyyden palautuessa maan kansallislaulu palautettiin ennalleen.
Kun Slovakia itsenäistyi uudelleen vuonna 1993, tuli Nad Tatrou sa blýskan kahdesta ensimmäisestä säkeistöstä maan virallinen kansallislaulu Slovakian perustuslain 9. artiklan mukaan.[2]