Mustafa nousi valtaistuimelle 28-vuotiaana 29. toukokuuta1807 enonsa sulttaani Selim III:n tilalle, joka syöstiin valtaistuimelta janitsaari Kabakçı Mustafan johtamassa kapinassa.[1] Mustafa IV:n valtakausi jäi kuitenkin lyhyeksi, sillä suurvisiiri Alemdar Mustafa paššan kokoama armeija syrjäytti hänet jo seuraavana vuonna ja nosti valtaan Mahmud II:n.[2]