Shao Kahnin johtaman invaasion Earthrealmiin epäonnistuttua, Raiden kohtaa hänet ja Quan Chin hautausmaalla. Raiden iskee Shao Kahnin Quan Chin luoman portaalin läpi silminnähden tappaen hänet. Samanaikaisesti Teräsmies pysäyttää Darkseidin invaasion ja iskee hänet silmiensä lämpösäteellään portaalin läpi. Tämän seurauksena Shao Kahn ja Darkseid yhdistyvät keskenään Dark Kahniksi ja Mortal Kombatin maailma alkaa yhdistyä DC Universen maailman kanssa. Tämän seurauksena eri hahmot alkavat saada viha- ja raivokohtauksia ja ovat vahvempia ja heikompia kuin aiemmin. Raidenin ja Teräsmiehen ollessa viimeiset taistelijat, he lopulta yhdistävät voimansa ja kukistavat yhdessä Dark Kahnin, jolloin molemmat maailmat palaavat entiselleen. Darkseid joutuu vangiksi Netherrealmiin ja Shao Kahn vangitaan Phantom Zonelle.