Lääninhallituksen piirustukset tilattiin Carl Ludvig Engeliltä kaupungin perustamisvuonna 1838, samassa yhteydessä Mikkelin lääninsairaalan ja lääninvankilan piirustusten kanssa. Piirustukset valmistuivat vuonna 1839, mutta talo valmistui vasta Engelin kuoltua vuonna 1843. Engel lienee käyttänyt empiretyylisen suunnitelman pohjana Hämeenlinnaan hieman aiemmin suunnittelemaansa Hämeen lääninhallituksen taloa.[2] Myös Mikkelin keskustan asemakaava on Engelin laatima.[3] Lääninhallitus toimi talon alakerrassa, yläkerrassa oli maaherran virka-asunto.[1] Kaksikerroksiseen rakennukseen lisättiin 1890-luvulla arkistotiloiksi tarkoitetut pienet yksikerroksiset siipiosat.[1][3]
Lääninhallituksen taloon on kytketty Raatihuoneenkadun ja Hallituskadun kulmissa symmetrisesti sijaitsevat yksikerroksiset rakennukset, joista pohjoisempi on E. B. Lohrmannin suunnittelema läänin maanmittauskonttorin talo vuodelta 1849 ja eteläisempi on Martti Välikankaan suunnittelema, tyyliltään ensimmäisen kanssa yhdenmukainen lisärakennus vuodelta 1938.[3][1] Kulmatalot yhdistettiin lääninhallituksen taloon Maaherrankadun varteen 1960-luvulla rakennetuilla betonisilla yhdyskäytävillä, jotka korvattiin vuonna 1993 lasiseinäisillä rakennelmilla.[3] Lääninhallituksen talon pääovi siirrettiin vuoden 1938 muutostöissä pihan puolelta keskelle torinpuoleista julkisivua, mutta vuoden 1993 saneerauksessa tämä ovi suljettiin ja pääsisäänkäynti sijoitettiin lasisiin käytävärakennuksiin.[1]
Läänien lakkauttamisen jälkeen rakennusta käytti Itä-Suomen aluehallintovirasto maaliskuuhun 2021 saakka, jolloin se muutti samassa korttelissa olevaan uudempaan valtion virastotaloon. Lääninhallituksen talon tulevaa käyttöä ei ole päätetty.[4]