Värit Madagaskarin lipussa kertovat maan historiasta, itsenäisyystaistelusta ja perinteisistä yhteiskuntaluokista. Punainen ja valkoinen olivat Ranskalle vuonna 1896 antautuneen Merinan kuningaskunnan värit. Ne olivat käytössä Merinan viimeisen kuningattaren, Ranavalona III:n lipussa.[2]