Gottschalk palasi Yhdysvaltoihin vuonna 1853 ja aloitti muun muassa Kuubaan ja muuhun Latinalaiseen Amerikkaan suuntautuneet konserttikiertueensa. Hän tuli etnisvaikutteisilla teoksillaan tunnetuksi Eurooppaa myöten. Hän kaatui yhdessä konserteistaan Rio de Janeirossa24. marraskuuta1869. Kohtauksen oli ilmeisesti aiheuttanut malaria, josta hän ei koskaan toipunut: muusikko kuoli Brasiliassa vain 40-vuotiaana.