Jonathanin isä oli paikallinen päällikkö ja sukua kuningas Moshoeshoelle. Leabua Jonathan vietti silti tavallisen työväenluokkaisen lapsuuden. Hän kävi koulunsa lähetysasemalla Maoana-masoanassa. Nuorena hän työskenteli kolme vuotta kultakaivoksilla Etelä-Afrikassa, ja ymmärsi apartheid-politiikan haitallisen vaikutuksen.[1]