Huovisen vanhemmat olivat rakennusmestari Kaarle August Huovinen ja Saimi Siviä Kinnunen. Hän pääsi ylioppilaaksi 1935 ja valmistui filosofian maisteriksi 1939, filosofian lisensiaatiksi 1951 ja filosofian tohtoriksi 1956. Huovinen vihittiin papiksi 1943. Hän valmistui vielä teologian kandidaatiksi ja lisensiaatiksi 1954 ja teologian tohtoriksi 1962.
Huovinen oli Turun yliopiston yleisen historian dosenttina vuodesta 1965 ja yliopiston kulttuurihistorian vt. professorina 1972–1975. Hän oli Sanansaattaja-lehden toimitussihteerinä 1945–1957 ja Evankelisen opettajaliiton puheenjohtajana 1952–1961.
Lauri Huovinen oli naimisissa kaksi kertaa:
1943–1954 hammaslääketieteen lisensiaatti Aili Anna-Liisa Huovisen (1920–1954) kanssa.
vuodesta 1956 talousopettaja Eira Marjatta Vainion kanssa.
Huovisella on ensimmäisestä avioliitosta kolme lasta: Helsingin hiippakunnan emerituspiispa Eero Huovinen, Merimaskun entinen kirkkoherra, rovasti Matti Huovinen sekä oikeustieteen tohtori, valtiotieteen maisteri Sakari Huovinen. Toisesta avioliitosta hänellä on kaksi lasta: Turun yliopiston bakteeriopin professori Pentti Huovinen ja lääketieteen tohtori Riikka Huovinen.
Teoksia
Sunnuntai-ilta : kertoelmia. Suomen lut. evank.-yhdistys, Helsinki 1945
Sanan selvyyteen : arvioiva esitys luterilaisen kirkon ja huomattavimpien lahkojen kastekäsityksistä (armonvälikappaleopeista). Suomen luterilainen evankeliumiyhdistys, Helsinki 1954
Mitä epäilysten myrskyssä on tehtävä?. Malmin seurakunta, Helsinki 1955
Kasteen lahja elämälle : uutta ja vanhaa Uuden testamentin kasteesta. Suomen luterilainen evankeliumiyhdistys, Helsinki 1959
Parhaat päivät edessäpäin : 36 kysymystä ja vastausta. Suomen luterilainen evankeliumiyhdistys, Helsinki 1959, 2. painos 1962
Turun tuomiokirkko - Åbo domkyrka - Cathedral of Turku - Der Dom in Turku ; teksti Lauri Huovinen ; kuvaus ja taitto Timo Turjas. Turku 1975
Sydämen kuvastin : itsensä tutkimisesta ja itsensä tuntemisesta. SLEY-kirjat, Helsinki 1979, 2. painos 1995
Italian renessanssikulttuuri. Turun yliopiston historian laitoksen julkaisuja no 17. Turun yliopisto, Turku 1986
Suomennoksia
C. O. Rosenius : Elämän leipää : tutkisteluja vuoden joka päivälle. Suomen luterilainen evankeliumiyhdistys, Helsinki 1973, 4. uud. laitos Sley-Media, Helsinki 2012