Kustaa Eerikinpojan ollessa alle vuoden ikäinen hänen isänsä syöstiin vallasta ja kuninkaaksi tuli tämän veli Juhana III. Eerik XIV:n perhe eli vankeudessa yhdessä Eerikin kanssa vuoteen 1573, minkä jälkeen Kustaa oli kaksi vuotta äitinsä huostassa Turussa. Maaliskuussa 1575 Ruotsin valtaneuvosto päätti erottaa seitsenvuotiaan pojan myös äidistään ja lähettää hänet Puolaan, jossa hän varttui vaatimattomissa oloissa tuntemattomiksi jääneiden henkilöiden kasvatettavana. Kustaa kävi jesuiittakoulujaBraunsbergissä, Thornissa ja Vilnassa ja kääntyi katolilaisuuteen. Hänen kerrotaan tehneen pyhiinvaelluksenRoomaan ja tavanneen keisari Rudolf II:n.[1]
Juhana III ei vastannut Kustaan avunpyyntöihin, mutta Juhanan seuraaja Sigismund salli Kustaan tavata äitinsä Kaarina Maununtyttären vuonna 1596 Tallinnassa.[1] He pystyivät hädin tuskin keskustelemaan, sillä Kustaa oli miltei unohtanut äidinkielensä.[2] Sigismundin asettama käskynhaltija Klaus Fleming kielsi Kustaata tulemasta äitinsä mukana Suomeen.[3]Nuijasodan aikana Suomen kapinoivat talonpojat levittivät valheellista tietoa, että laillinen kruununperijä Kustaa Eerikinpoika olisi tukenut kapinaa, koska siten voitiin oikeuttaa nouseminen Klaus Flemingiä vastaan.[4][3]
Asuttuaan joitain vuosia Thornissa Kustaa meni vuonna 1600 Venäjälle tsaari Boris Godunovin kutsusta.[1] Tsaari olisi halunnut naittaa hänet tyttärelleen Ksenialle ja tehdä hänestä Venäjän etuja ajavan Ruotsin kruununtavoittelijan.[2] Kustaa kieltäytyi ja joutui sen vuoksi olemaan useita vuosia vankina Moskovassa. Hän vapautui Boris Godunovin kuoltua vuonna 1605, mutta uusi tsaari Vale-Dmitri I vangitutti hänet pian uudelleen. Kustaa vapautui uudelleen Dmitrin syrjäyttämisen jälkeen, mutta kuoli hieman myöhemmin Kašinissa Keski-Venäjällä.[1]
Kustaa Eerikinpojalla on väitetty olleen Brita Karth -nimisen naisen kanssa avioton poika Laurentius Karthetskij Eldh, josta Eldstierna- ja Stierneld-aatelissuvut olisivat polveutuneet. Tieto on ilmeisesti 1800-luvun alussa eläneen vapaaherra Adolf Ludvig Stierneldin liikkeelle laskemaa sepitettä, jonka tarkoituksena oli osoittaa hänen polveutuvan Vaasa-suvusta.[5]