Kujanjuoksu oli useissa maissa käytetty ankara rangaistusmuoto, jossa tuomitun piti juosta kahden raipoilla tai kartuilla häntä lyövän miesrivin välissä. Kujanjuoksua käytettiin erityisesti sotaväessä. Rangaistus sisältyi esimerkiksi Ruotsin varhaiseen rikosoikeuteen, mutta sitä ei sisällytetty enää vuoden 1734 lakiin.
Kujanjuoksua on joissain yhteyksissä käytetty teloittamistapana: silloin lyöjillä oli aseinaan keihäät, joilla uhri pisteltiin kuoliaaksi.[1]
