Rakennus on suojeltu.[2] Vastapäätä terminaalin sisäänkäyntiä on vuonna 1855 Helsingin edustalla uponneen venäläisen linjalaiva Hesekielin (Iezekiil) ankkuri, jonka sukeltajat löysivät Suomenlinnan luota vuonna 1977.[3]
Terminaalirakennus oli alun perin tullimakasiini, satamarakennus K8. Se valmistui vuonna 1937 Helsingin kaupunginarkkitehdin Gunnar Taucherin suunnittelemana. Rakennus muutettiin sataman matkustajaterminaaliksi vuonna 1977, kun autolautta Finnjet aloitti liikennöinnin Helsingin ja Travemünden välillä. Muutostyöt suunnitteli satamalaitoksen arkkitehti Kari Unelius.[4][2] Terminaalia on sittemmin laajennettu useasti, viimeksi vuonna 2008 rannan puolelle valmistuneella lasiseinäisellä laajennusosalla, jonka suunnitteli arkkitehti Ari Bungers.[5]
Purkusuunnitelmat
Vuosina 2024–2026 Katajanokan terminaali puretaan ja korvataan uudella. Kun vastarannalla sijaitseva Olympiaterminaali lakkautetaan, Katajanokalla tulee olla tilaa Viking Linen lisäksi myös Silja Linelle. Myös aluspaikkoja järjestellään uudelleen.[6][7] Autoliikenne Katajanokalla kuitenkin vähenee, sillä Tukholman-laivat kulkevat vain kerran vuorokaudessa[7] ja tavaraliikenne Helsingin ja Tukholman välillä on vähäisempää kuin Tallinnan-laivoilla.[8]