Väänänen on toiminut Itä-Suomen yliopiston tutkimuksesta vastaavana akateemisena rehtorina vuoden 2010 alusta lähtien.[1] Elokuussa 2012 hän aloitti Turun yliopiston rehtorina.[2]
Tutkimustyössään Väänänen on käsitellyt mm. luukatoa. Väänänen on palkittu työstään muun muassa yhdellä pohjoismaiden suurimmista lääketiedepalkinnoista, ruotsalaisella SalusAnsvar-palkinnolla vuonna 2007.