Miller tuli tunnetuksi Irakinjoukkotuhoaseita käsitelleistä artikkeleistaan ennen vuoden 2003 sotaa. Merkittävä osa hänen artikkeleistaan The New York Timesissa osoittautui epätarkoiksi tai perättömiksi. George W. Bushin hallinto käytti Millerin kirjoituksia sodan oikeuttamiseen.[1][2]
Vuonna 2005 Miller sai kansainvälistä huomiota kieltäydyttyään paljastamasta lähdettään. Hän ei suostunut todistamaan oikeudessa siitä, kuka kertoi hänelle entisen Yhdysvaltain suurlähettiläänJoseph Wilsonin vaimon Valerie Plamen aseman keskustiedustelupalvelu CIA:n työntekijänä. Eräiden CIA:n työntekijöiden henkilöllisyyden paljastaminen on Yhdysvaltain lakien mukaan rikos, kun paljastajana on virkamies, joka on saanut henkilöllisyyden tietoonsa työnsä kautta. Miller tuomittiin tapauksen johdosta vankeuteen, ja hän aloitti rangaistuksen kärsimisen heinäkuussa 2005. Miller vapautui syyskuussa 2005 luovutettuaan syyttäjälle muistiinpanonsa ja paljastettuaan tietolähteensä, varapresidenttiDick CheneynkansliapäällikköLewis 'Scooter' Libbyn.[3]
Marraskuussa 2005 Miller jätti The New York Timesin.[4]