Tudor-dynastian noustua valtaan Henrik VII nimitti hänet Canterburyn arkkipiispaksi vuonna 1486 ja lordikansleriksi seuraavana vuonna 6. lokakuuta. Morton oli yorkilaisen kuningas Rikhard III:n vastustaja. Paavi Aleksanteri VI nimitti hänet kardinaaliksi vuonna 1493. Lordikanslerina hän vastasi valtakunnan talouden tervehdyttämisestä.