Palattuaan retkeltä Townsend kirjoitti raportin The Narrative of a Journey across the Rocky Mountains to the Columbia River and a Visit to the Sandwich Islands (Boston, 1839). Townsend osallistui John James Audubonin kirjan American Ornithology kirjoittamiseen ja monet kuvaukset ovat peräisin hänen kynästään.
Townsend toimi joitakin vuosia Smithsonian-instituutin lintuosastolla. Washingtonissa hän opiskeli hammaslääketiedettä ja kutsui itseään sittemmin tohtoriksi.