Johannes Reinhardtin isä oli norjalaissyntyinen Kööpenhaminan yliopiston eläintieteen professori Johannes Christopher Hagemann Reinhardt. Nuorempi Reinhardt kirjoitti ylioppilaaksi 1834, opiskeli Kööpenhaminan yliopistossa kieliä, lääketiedettä ja eläintiedettä 1835 alkaen. 1845 hän teki tutkimusmatkoja Aasiaan, Havaijille ja Etelä-Amerikkaan. 1847 hänet nimitettiin kuraattoriksi Kööpenhaminan kuninkaalliseen luonnontieteelliseen museoon. 1850-luvun alkupuolella hän suoritti kaksi tutkimusmatkaa Brasiliaan, ja toi mukanaan suuren määrän näytteitä. Vuosina 1856–1878 Reinhardt toimi Tanskan teknillisen korkeakoulun dosenttina, ja 1865–1882 Kööpenhaminan yliopiston eläintieteen professorina.