Nykyisen kirkon kohdalla on sijainnut 1100-luvun lopussa tai 1200-luvun alussa pitkä itä-länsisuuntainen puurakennelma, josta länteen sijaitsee hautoja. On mahdollista, että kyseessä oli kirkko, mikä tekisi rakennelmasta vanhimman kirkkorakennuksen Virossa ja sellaisena ainoan ennen 1200-luvun valloituksia. Nykymuotonsa Jaanin kirkko on kuitenkin saanut monessa eri rakennusvaiheessa vasta myöhemmin. Ensimmäinen maininta Tarton seurakunnasta on vuodelta 1323.[2] Jaanin kirkon rakennuttivat Tarton alakaupungin porvarit, jotka halusivat oman kirkkonsa, ja se valmistui 1300-luvulla.[3]
Jaanin kirkko kärsi merkittäviä tuhoja suuren Pohjan sodan aikana, jolloin vuonna 1708 venäläisjoukot hävittivät Tarttoa. Kirkon tornin yläosa kaatui kirkkosalin päälle, minkä lisäksi kirkon keskilaiva ja kuorin holvit hävisivät. Sen sisätiloja uudistettiin arkkitehti G. F. W. Geistin johdolla vastaamaan historiallista kirkkoa vuosien 1820 ja 1830 välillä. Tuolloin tosin hävitettiin suuri osa vielä säilyneistä sisäpatsaista. Nykypäiviin säilyneet rapattiin piiloon. Vuosien 1899 ja 1904 välillä kirkon ulkosivua restauroitiin arkkitehti W. Bockslaffin johdolla, jolloin sen ulkopatsaista poistettiin rappaukset. Tarkoituksena oli restauroida myös kirkon sisätiloja, mutta suunnitelmat tästä tyssäsivät ensimmäiseen maailmansotaan.[2] Kirkko tuhoutui tulipalossa toisessa maailmansodassa vuonna 1944 ja Neuvosto-Viron aikana suunniteltiin nyt säiden armoille päätyneiden raunioiden hävittämistä, mitä ei kuitenkaan toteutettu.[3] Kirkon korjaukset aloitti puolalainen yritys vuonna 1989 ja korjauksia jatkettiin virolaisvoimin vuoden 1991 jälkeen. Vuonna 1997 perustettiin uudelleen Tarton Johannaksen seurakunta ja ensimmäinen jumalanpalvelus pidettiin saman vuoden jouluna.[2] Korjaustyöt saatiin päätökseen 2000-luvun lopussa.[3]
Rakennus
Jaanin kirkon ainutlaatuinen piirre muihin Pohjois-Euroopan kirkkoihin verrattuna ovat sen alun perin noin tuhat terrakottahahmoa, jotka koristivat kirkon sisä- ja ulkotiloja. Noin puolet niistä on säilynyt nykypäiviin saakka.[3] Kirkon tornissa sijaitsee yleisölle avoin näköalatasanne. Tornin huipulle johtavat portaat ja sen korkeus on noin 30 metriä.[4]
