Vuonna 2011 Nissinen valittiin puolueen Finnvedenin johdonselvennä jäseneksi, ja samana vuonna hänestä tuli myös Jönköpingin läänin ensimmäinen aluepuheenjohtaja, jossa asemassa hän on vieläkin.
Vuonna 2010 Johan Nissinen Värnamon kunnan valtuustoon 21 vuoden iässä. Vuonna 2014 hänet valittiin samaan valtuustoon uudelleen. Hän sai 22 % ruotsidemokraattien äänistä.
Vuonna 2014 Nissinen valittiin valtiopäiville Skånen läänin pohjoisesta ja itäisestä vaalipiiristä. Valtiopäivillä Nissinen istuu elinkeinovaliokunnan työskentelevänä varajäsenenä. Hän on varajäsenenä myös EU-lautakunnassa, talousvaliokunnassa ja ulkoasiainvaliokunnassa.
Johan Nissinen on ollut vuodesta 2014 lähtien varajäsen myös Euroopan neuvoston Ruotsin delegaatiossa. Siellä Nissinen istuu vakituisena jäsenenä kulttuuriin, tieteeseen, koulutukseen ja mediaan liittyvässä komiteassa, sekä varajäsenenä muuttoliikkeeseen, pakolaisiin ja karkotettuihin liittyvässä komiteassa.
