Joachim Ntahondereye (s. 8. toukokuuta 1953) on burundilainen roomalaiskatolinen piispa. Hän syntyi Camzaissa, kävi paikallisia kouluja ja jatkoi sitten opintojaan Tansaniassa ja Italiassa. Hän sai oppiarvon moraaliteologiassa Accademia Alfonsianasta. Hänet vihittiin 16. marraskuuta 1980 papiksi^[1] Ruyigin hiippakuntaan.^[2]

Ntahondereye sai 14. joulukuuta 2002 nimityksen Muyingan hiippakunnan piispaksi, ja piispaksi vihkiminen seurasi 1. maaliskuuta 2003. Pääkonsekraattorina toimi Simon Ntamwana, jota avustivat Joseph Nduhirubusa ja Roger Mpungu.^[2] Ntahondereye on myös toiminut seminaarin moraaliteologian professorina Gitegassa.^[1]